Díky zkrácení výjimky by se odstranilo současnou nejistotu ohledně legálního fungování elektrárny a navíc by provozovatel mohl bez problémů nainstalovat technologie pro dosažení zákonných emisních limitů před další topnou sezónou. Z materiálů, které provozovatel poskytl úřadům a soudům, vyplývá, že pro nainstalování potřebných filtrů by měl v takovém případě dostatek financí i času.

Pokud by MŽP nerozhodlo, bylo by to nejen v rozporu se zákonem, ale také by nadále hrozilo, že elektrárna bude náhle odstavena (či provozována nelegálně). Krajský úřad Pardubického kraje totiž již v reakci na vydané předběžné opatření soudu, které platnost výjimky pozastavilo, zahájil řízení o přezkumu, jehož výsledkem bude vepsání zákonných emisních limitů do integrovaného povolení elektrárny Chvaletice. Ty elektrárna pravděpodobně není schopna ze dne na den splnit.

Stále nedořešenou situaci kolem elektrárny Chvaletice zavinil podle nevládních organizací samotný provozovatel elektrárny, který místo aby nové limity - schválené již před pěti lety - splnil (což udělalo 92 ze 110 velkých spalovacích zařízení v ČR) nebo z nich získal výjimky v mezích zákona, neustále trvá na dlouhé a příliš velké výjimce, jakou zákon neumožňuje. Díl viny však nesou i úřady - Krajský úřad Pardubického kraje (který ji udělil poprvé), Krajský úřad Olomouckého kraje (který výjimku udělil znovu) a Ministerstvo životního prostředí, které ji za ministra Richarda Brabce potvrdilo.

Provozovatel elektrárny se po zastavení platnosti výjimky z emisních limitů na rtuť a oxidy dusíku dokonce obrátil na Ústavní soud ČR s žádosti o její obnovení. Ústavní soud však odmítl stížnost jako neopodstatněnou. Z podané stížnosti k nejvyšší soudní instanci navíc vyplývá, že investice do filtračních technologií je pro provozovatele finančně dostupná. Ve stížnosti uvádí, že pouze v roce 2022 činí odhad zisku 3,9 miliardy korun. Maximální částka pro případ instalace nových filtrů, které by snížily emise vypouštěných škodlivin hluboko pod emisní limity, je 1,5 miliardy korun. Provozovatel však také může jít cestou vyladění stávajících filtračních technologií a instalace technologie dávkování aktivního uhlí, a náklady na dosažení emisních limitů se tak mohou dostat na 95 milionů korun, tedy zhruba na 2,5 % letošního očekávaného zisku elektrárny. Takové úpravy lze navíc provést v řádu několika týdnů.

Ekologické organizace Hnutí DUHA a Greenpeace, místní spolky Zelená pro Pardubicko a Zastavme elektrárnu Chvaletice a expertní skupina Frank Bold upozorňují na nezákonnost rozhodnutí o výjimkách pro Elektrárnu Chvaletice od roku 2019. Uhelné elektrárny Chvaletice a Počerady (stejného provozovatele) získaly výjimky z emisních limitů pro rtuť, které jsou v absolutních emisích nesrovnatelně větší než výjimky pro jakékoliv další zdroje, a to z důvodu velkého zvýšení limitu a i velké délce výjimky. Udělená výjimka pro Počerady by znamenala, že elektrárna vypustí o 1 250 kg rtuti více než v případě splnění BAT, což z ní činí největší výjimku ze všech zdrojů. Elektrárna Chvaletice dostala výjimku na přinejmenším 1 234 kg rtuti nad rámec zákonného emisního limitu, což je druhá největší výjimka a skoro dvojnásobná oproti třetí největší pro Ledvice 6.