NKÚ prověřil deset správců sbírek a zjistil, že v letech 2016 až 2018 se u nich nepodařilo dohledat téměř tři tisíce sbírkových předmětů. Je tak možné, že tyto předměty se ze sbírek ztratily nebo byly ukradeny. Pokud se správcům sbírek nepodaří při inventurách předměty dohledat ani po několika letech, požádají Ministerstvo kultury o vyřazení těchto předmětů z centrální evidence. MK správcům sbírek nestanovilo, jak mají při nedohledání předmětů postupovat. Správci sbírek tak většinou ani neřeší osobní zodpovědnost za nedohledané předměty. Ročně se jedná o stovky takových předmětů.

Správa a evidence muzejních sbírek je roztříštěná a komplikovaná. Sbírkové předměty se vedou v mnoha evidencích, informačních systémech a databázích. Všechny sbírky vlastněné státem nebo samosprávnými celky by měly být vedeny v centrální evidenci sbírek. Přesto v ní chybí podle odhadu MK desítky sbírek.

Stát navíc nemá přehled o tom, jaký je skutečný stav sbírek. Údaje v centrální evidenci a u samotných správců sbírek se liší. V některých případech jde o tisíce nebo i desetitisíce položek. U 19 z 20 sbírek, které kontroloři prověřili, byl uveden jen výčet evidenčních čísel jednotlivých předmětů bez dalšího popisu, o jaký předmět se jedná. Centrální evidence tak ani nesloužila veřejnosti jako zdroj informací o sbírkách.

Nedostatky zjistili kontroloři i u vývozu sbírkových předmětů do zahraničí. MK jej povolilo i v případech, kdy nemělo od správce sbírky všechny potřebné doklady, jako jsou smlouvy o výpůjčce nebo pojištění. Stačila mu pouze informace od příslušného správce sbírky. V evidenci výpůjček pak mělo jako probíhající výpůjčky i ty, které se vůbec neuskutečnily nebo skončily už před lety.

Problém při ochraně sbírek představují i právní předpisy, které jsou jen velmi obecné a zastaralé. Novelu zákona mělo připravit MK už v roce 2016. Dosud se tak ale nestalo. Konkrétnější povinnosti správců sbírek upravují metodické pokyny MK. Ty jsou ale závazné jen pro jeho příspěvkové organizace, které představují 6 % z celkového počtu správců sbírek.